Discovery Studio(分子建模软件)修改版

Discovery Studio简称DS，中文名为药物发现与生物大分子计算模拟平台，是一款专业的生命科学分子模拟软件，可以在你的电脑上呈现一个分子建模环境，目前在生物信息学、结构生物学、酶学、免疫学、病毒学、肿瘤研究等生命科学研究领域有着广泛的应用。在科学领域的实验生物学家、药物化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家经常与这款软件打交道，用于蛋白质结构功能研究以及药物发现，该软件中内置了非常多的蛋白质模拟、优化和药物设计工具，能够通过高质量的图形、多年验证的技术以及集成的环境，来为药物研究提供基准。该软件中包含了非常多的功能模块，包括基本界面和显示模块、蛋白质模拟模块、基于结构的药物发现和设计模块、基于药效团的药物发现和设计模块、基于小分子的药物发现和设计模块、分析模块等等，每个功能模块在科学领域都有着极大的用途。每个功能模块中还有许多的小分类，比如说在蛋白质模拟模块中还包含DS MODELER、DS Protein Refine、DS Protein Health、DS Protein Families等，其中DS MODELER只需要给出未知结构序列与另一个已知三维结构蛋白的比对，利用工业标准的快速同源模建方法，便可自动并快速产生优化的蛋白同源模型，可以深入研究蛋白结构及功能的关系。总之该软件在药物学中有着不可估量的地位，有需要的朋友欢迎前来下载。
PS：本站为你们提供的是“Discovery Studio(分子建模软件)破解版”，安装包内置破解补丁，替换到目录文件下，就能免费使用该软件，详细的教程可参考下文。

软件特色

1、提供了化学分析的功能
2、支持将化学分析转换到电脑上操作
3、可以在电脑上建立分析实验的模型
4、可以在三维的空间上设计分析分子以及蛋白质的模型
5、软件具有高度可视化设计能力
6、支持建立化学方程式以及实验报告
7、支持建立分子结构以及生物数据报告
8、也可以通过软件自己定义分子序列
9、具有七个不同的分析方案
10、从基础绘图到后期模型实验分析一应俱全

Discovery Studio 4.5安装教程

1、安装的时候可以看到软件具有32、64版本，小编的电脑是64，所以选择DS45Client.exe

2、进入安装提示，确认安装信息，无误，点击Next进行安装

3、用户可有点击Change来设置软件安装位置
默认安装位置：C:Program FilesBIOVIADiscovery Studio 4.5

4、提示软件已经可以安装到电脑上，显示所有安装的提示

5、进入安装过程，需要配置很多附加的安装程序，等待一段时间

6、软件安装完成，点击Finish退出安装向导

7、将破解补丁文件下的破解补丁复制到软件文件中


8、双击打开软件，点击Help下的About，如下图软件已经破解完成，用户可以放心使用

Discovery Studio使用教程

1、双击打开软件，如下图

2、进入软件，显示很多示例文件，这里可以点击第一个Protein Structure蛋白质结构查看

3、如图所示，这里就是蛋白质的编辑样式，如果你需要自己设计，可以从化学界面上找到模型

4、点击Multiple sequence alignment功能，可以将您的多序列比对

5、提示一些关于DNA的子项目，可以点击DNA-Single Strand查看链接，也可以查看不同的分子样式

6、点击Chemistry可以查看软件的化学结构，可以分析立体化学模型

功能介绍

一、基本界面和显示模块
1、Discovery Studio Standalone
可视化界面，是利用软件进行分子设计和模拟的基础，支持服务器-客户端安装在同一台机器上的运行模式。与Pipeline Pilot Server结合在一起，提供化学/生物学数据显示、模拟/分析、构建三维分子、展示动态变化、三维作图及许多其它功能
2、Discovery Studio Visualizer Client
是服务器-客户端运行模式中、客户端的可视化界面，用于访问和使用服务器端的软件。必须与服务器端配置的Pipeline Pilot Server协同工作，为用户提供无与伦比的数据、工作流程和计算资源共享
二、蛋白质模拟模块
1、DS MODELER
只要给出未知结构序列与另一个已知三维结构蛋白的比对，利用工业标准的快速同源模建方法，便可自动并快速产生优化的蛋白同源模型。对于靶标发现及蛋白家族功能结构分析，MODELER是一个理想的解决方案。用MODELER还可以模拟蛋白突变，进行loop区模建及基于结构的比对并构建有配体结合的蛋白结构模型。结合Sequence Analysis模块，可以全自动完成抗体Loop区模建。结合软件里模拟及以结构为基础的药物设计的功能模块，用MODELER还可以深入研究蛋白结构及功能的关系
2、DS Protein Refine
利用CHARMm对模建好的蛋白质进行侧链和loop区的优化，提高蛋白质模型的准确性
3、DS Protein Health
蛋白质三维结构合理性评价工具。Protein Health模块运用Profiles 3D方法，通过将三维结构的结构环境与特定氨基酸残基的优先外界环境相比较，获得相关结构性质与氨基酸序列信息之间的关系。通过Protein Health模块的分析，用户可以方便快速地找到蛋白质结构中不合理的区域
4、DS Protein Families
通过分析某一蛋白家族蛋白序列的保守模式以及在三维结构上的保守残基的位置，可以在分子水平上更好地了解到蛋白功能机制。Protein Families的简单易用的流程(protocols)，也可一步步地引导用户进行分析，从蛋白家族的序列或者结构比对，到进化踪迹分析。而进化踪迹分析包括用分层聚类的方法来建立蛋白家族系统树图以及把这些得到的功能注释信息画到你的三维结构上去。进行序列比对时，允许根据需要对比对结果添加约束，提高活性部位关键残基的比对效果
5、DS Sequence Analysis
与功能已知的其它蛋白的序列进行比对，是确定某一蛋白生物功能的第一步。用Sequence Analysis也可以让用户通过通用的BLAST及PSI-BLAST算法来搜索本地数据库或者NCBI网上数据库，确定蛋白序列的同源区域。结果在交互的报告格式里面显示以方便进行进一步的分析及在其它模块里面的使用。使用Blast搜索PDB或PDB_nr95数据库时，结果文件中可以显示输出蛋白质的SCOP ID, Ligand ID以及X射线分辨率等信息

更新日志

v4.5更新日志（2021-7-29）
1、新的数据库又得到了化学结构复制的方案
2、可以从数据库上找到分子方程式的变量数据
3、也可以自己将实验的结果制作为研究模板
4、也可以针对不同类型的化学元素添加
5、支持使用电解质方程插入到模型上
6、支持对分析的化学结果添加注释信息